Su fallecimiento se atribuyó a una embolia que sufrió mientras se encontraba con la familia de vacaciones en las Bahamas; además, Travolta admitió que su hijo era autista.De acuerdo con especialistas, aunque Jett sufriera convulsiones, esta enfermedad tratada correctamente no debería suponer ningún problema para aquellos que la padecen.
La Cienciología no cree en la medicina tradicional y el método para sanar cualquier enfermedad es por medio de la "curación espiritual".
Además, tampoco reconoce el autismo como enfermedad mental y tanto John como su esposa Kelly, siempre habían negado, al menos públicamente, que su hijo padeciera dicha enfermedad.
Después de la muerte de Jett, los abogados del matrimonio Travolta, Michael Ossi y Michael McDermott, insistieron en que el joven sí había recibido el tratamiento necesario que le habían prescrito los médicos para tratar sus convulsiones.
No obstante, ahora se pone en tela de juicio si sus padres siguieron el tratamiento adecuadamente, debido a sus creencias religiosas.
Por otra parte, se supo que su madre Kelly decidió ponerlo a dieta siguiendo las indicaciones del fundador de la Iglesia de la Cienciología, L. Ron Hubbard, ya que aseguraba que eso mejoraba notablemente su estado de salud.
